Die Milchsäurebakterien in EM sind die Aktivsten. Sie sind anteilig am stärksten vertreten, sie vermehren sich am schnellsten und sie sterben am schnellsten. Die Gruppe der Milchsäurebakterien umfasst sehr viele verschiedene Arten. Milchsäurebakterien fermentieren die verschiedenen Kohlenhydrate und Zucker und produzieren daraus natürlich Milchsäure und Essigsäure, aber auch verschiedene Vitamine und Proteine. Sie atmen nicht und mögen Sauerstoff und Luft auch nicht sonderlich, können aber Sauerstoff tolerieren. Milchsäurebakterien sind aus der Yoghurt-, Sauerkraut- oder Sauerteigherstellung alte Bekannte und ihre veredelnde Wirkung auf Lebensmittel wird allgemein geschätzt.

Wo die Milchsäurebakterien nicht weiterkommen, springen Hefen und Photosynthesebakterien ein. Wenn Gifte zu knacken sind, wenn spezielle Wuchsstoffe, Enzyme und Hormone gebraucht werden oder komplexere organische Verbindungen aufgearbeitet werden müssen.

Hefen werden in der Wein-, Bier- und Brotherstellung benutzt, und sie vermehren sich nur wenig langsamer als die Milchsäurebakterien. Sie fressen ebenfalls Kohlenhydrate und Zucker und produzieren z.B. Alkohol, verschiedene Säuren, Enzyme und Vitamine (z.B. B-Vitamine) und Antioxidantien. Die EM-Mischung produziert allerdings nur sehr geringe Mengen Alkohol. Hefen können sowohl fermentieren als auch atmen und schützen so die anderen Mikroorganismen in EM vor zu hohen Sauerstoffkonzentrationen. Sie veratmen einfach den vorhandenen Sauerstoff. Das ist auch der Grund für die Hefeschicht, die sich meist auf einem EM-Ansatz bildet.